Una de las grandes jodiendas/putadas/cabronadas de gnome-shell es que por defecto no puedes configurar el proxy, así que sólo puedes usar las aplicaciones que tengan posibilidad de configurar el proxy desde el propio programa.
En gnome 2 teníamos la comodidad de poder configurar varios proxys, definiendo incluso el usuario y el password, de esta forma le decíamos a las aplicaciones que usasen el proxy del sistema operativo.
Buscando he encontrado que no está la cosa totalmente perdida pero aún… brfff…
Si instalamos el paquete gconf-editor, en el panel de configuración de red nos aparecerá para configurar un solo proxy, pero no permite autenticación.
Por otro lado, hay un plugin de gnome-shell que se llama proxyfier pero no anda del todo fino, nos permite configurar proxys y seleccionar entre varios, pero no nos permite autenticación.
Así que -1 para gnome-shell en este aspecto :(…