Para excluir directorios en un zip hay 2 formas:
$ zip fichero.zip directorio/* -x@excluir.lst
separas los directorios a excluir con saltos de línea
o
$ zip fichero.zip directorio/* -x directorio/dir1/* directorio/dir2/dir3/* directorio/dir4/*
o
$ zip fichero.zip ./* -x ./dir1/* ./dir2/dir3/* ./dir4/*