Una interesante aplicación para hacer varias gestiones con ficheros pdf.
Para instalarlo:
# apt-get install pdftk
Algun ejemplo de cosas útiles.
Combinar un par de PDF:
$ pdftk A=in1.pdf B=in2.pdf cat A B output out1.pdf
Cifrar un PDF:
$ pdftk 1.pdf output 1.128.pdf owner_pw foopass
Más info en man pdftk